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「臺灣民主自治聯盟林正亨等案」，又稱「臺灣民主自治同盟林正亨案」、「林正亨等匪諜案」。1949年8月17日臺灣省警務處刑警總隊，綜合各方情報，破獲林正亨等匪諜案，自該日起，刑警大隊開始逮捕嫌疑犯，前後共有21名被捕。

這20人是：1、林正亨（25歲，臺中縣人，本堂地產公司董事長，因參加中共外圍組織臺灣民主自治聯盟，印製《和平文獻》、《綜合文摘》等反動書刊，參加組織會議）；2、傅世明（26歲，臺北市人，臺北市皮革器具生產合作社理事，參加臺灣民主自治聯盟，廣為吸收黨徒予以編組，召開小組會議3次，散發大批反動書刊）；3、陳南昌（26歲，臺北市人，業書攤，接收閱讀傅世明散發的反動書刊，參加組織及小組會議）；4、吳萬福（26歲，臺北市人，蓬萊國民學校教員，罪名同前）；5、施顯華（25 歲，臺北市人，中山區公所戶籍幹事，罪名同前）；6、傅玉碧（26歲，臺北市人，水利局防洪組設計課工程員，罪名同前）；7、陳添成（26歲，臺北市人，業刻印，罪名同前）；8、葉陶（女，46歲，臺中市人，辦理私人農場）；9、鄧進益（40歲，臺北市人，大明社印刷廠老閭）；10、辜金良（36歲，嘉義縣人，業商）；11、廖溫進（33歲，雲林縣人，土地業）；12、廖溫正（38歲，雲林縣人，土地業）；13、沈保珠（女，24歲，棉蘭華僑，林正亨妻）；14、黃乃川（21歲，印尼華僑，無業）；15、李藻圃（33歲，浙江永康人，卸任臺灣航業公司船務處工務科修船審核股長）；16、辜海澄（24歲，四川仁壽縣人，葉陶之私立農場管理）；17、洪存波（49歲 ，高雄縣人，建報總經理）；18、蔡清山（25歲，臺南縣人，澎湖警察局辦事員）；19、余圳青（41歲，臺北市人，無業）；20、吳文雄（21歲，臺北市人，大明社印刷廠會計）；21、李氷（女，29歲，臺北蘆洲人，家管）。

先在刑警總隊訊問，9月23日收案，將20名嫌疑人及相關卷宗、反動書刊，林正亨家搜出的手槍一把及手槍彈20發、步槍彈16發子彈，交到臺灣省保安司令部軍法處，10月23日吳文雄因胃疾，病逝獄中。本案由殷敬文軍法官負責，經開庭訊問、補充證據後，於12月8日做出「收案報告擬處辦法」，將林正亨、傅世明，依懲治叛亂條例第二條第一項依法處斷；陳南昌、吳萬福、施顯華、傅玉碧、陳添成等五名，依懲治叛亂條例第六條依法處斷。辜金良、蔡清山、黃乃川送交職訓總隊管訓。廖溫正、沈寶珠、李藻圃交保釋放。12月9日在殷敬文諭知鄧進益、葉陶、廖溫正、李藻圃、辜海澄交保釋放，鄧進益、廖溫進、洪存敬、余圳青交保查看。他們前後被拘留一百一十多天。12月27日（38）安潔字第0406號判決書出爐，其結果如下：

林正亨、傅世明：共同意圖顛覆政府而著手實行，各處死刑、各褫奪公權終身，手槍、子彈等沒收。

陳南昌、吳萬福、施顯華、傅玉碧、陳添成：參加叛亂之組織，各處有期徒刑12年、各褫奪公權10年。

判決後，依軍事審判法，判決結果上呈當時在臺的軍事最高長官復審方告確定，1950年1月8日，兼臺灣省保安司令吳國楨，以（39）安潔字第26號代電致東南軍事長官陳誠復判。陳誠於1月27日以（39）署詳字第三二八號批准，判決遂告定讞，此外陳誠批示1月30日上午執行槍決。被判刑十二年的陳南昌等人，則稍後由保安處看守所移到監獄執行，上述５人在1951年5月被送往綠島新生訓導處，其中陳南昌、吳萬福、施顯華復於1953年涉入綠島新生訓導處「再叛亂」案，並送回軍法處再審，吳萬福免訴、施顯華無罪、陳南昌則在1955年5月6日被判處死刑。送回訓導營管訓的辜金良，於1950年2月21日回到訓導營，不料因有新事證8月24日再被送到軍法處候審，此次所涉及的為「張添丁案」，依判決書所示，他在1947年1月參加叛亂組織，受中共黨員張志忠領導，給予10萬元為資本，往來滬、臺經商，以贏利交張運用。嗣改由陳純真領導，命渠定購木材2千餘石，尚未取貨。1950年11月19日依（39）安潔字第294號判決書，判處有期徒刑12年、褫奪公權10年，應於1962年8月23日期滿釋放，卻再被送到小琉球，一直到1964年2月3日才出獄。至於黃乃川只因日常和林正亨妻沈保珠相約而往省立臺灣師範學院趙麗蓮教授處學英文，8月18日林正亨夫妻被捕後，黃不知仍照常來到林家，遂被守株待兔的刑警捕獲，雖然無涉林正亨案，卻因隨傘兵部隊由閩來臺時無入境證，卻未報戶籍，因此被發交職訓總隊管訓。之後在圓山訓導營時考取軍士隊，再經半年訓練後當班長，乃不必再管訓，仍在職訓總隊擔任上士文書，1957年6月，因協助隊員徐步青脫逃，1958年10月12日被判處有刑徒刑1年6個月，於1959年11月27日出獄。廖溫進，因林正亨被捕到刑警總隊時，逮捕他的鄭馬腰奉命開林手銬陪他聊天，據鄭說林想賄賂他而脫逃，如果要現金，可向西螺廖溫正、廖溫進取，兩兄弟因之被捕。但因廖溫進不認識林正亨，未曾有經濟往來；而林正亨表示他沒有向鄭馬腰説向廖取款。因此12月8日做成對廖溫進「尚不能證明該被告有其他犯行」，12月9日准其交保查看的決定，前後被拘留112天。廖於1962年1月因廖史豪等顛覆政府案被捕，以廖在家與黃紀男討論臺獨工作，供給在臺灣宣傳臺獨的經費2千元，供給廖文毅叛亂費，於1964年10月29日被判處有期徒刑12年，褫奪公權7年。後因其三哥廖文毅於1965年5月放棄主張臺灣獨立而回臺，遂遭特赦、復權，發還被沒收的財產。

林正亨案並未因1950年1月定讞後即告結束。其所留下的案卷常被有關單位，如保安司令部保安處、警務處借閲，以便查出更多未及查緝的涉案人。張慶安在1950年9月1日被捕，就是其中之一例。張慶安，高雄人，當警務處在辦理「臺灣民主自治聯盟林正亨等案」時，留下的案卷中：林正亨供述有一不識姓名的張某對他説洪存波是共產黨，是民眾運動的老前輩，南部諸事要找洪幫忙，連累洪在1949年9月20日被捕，與林對質時林表示，他說的是民眾運動的老前輩，不知口供何以如此寫。洪也指稱姓張的是張慶安，戰前被調往海南島，戰後回臺在警務處工作，後任《建報》董事，張慶安也列入通緝名單。1950年9月1日張在被「邀」前往高雄市警察局刑警隊時被留置、盤查。張曾打電話給保安處告知他一入警局即被監視，繼被再三盤問，乃透漏自己是為國防部工作與化名李自明。9月8日張獲釋，旋即以運用員的身份寫〈報告〉，說明被捕經過，以及改化名為李三雄。其信乃轉交到保安處處長林秀欒手中。林組長立刻調查張慶安的底細，發現張在1949年10月自函請前陳誠長官錄用，經副官處奉批交保安司令部核辦，因其對高雄市的了解甚深，故以無名義之通訊員暫為運用，並視成績酌給每月津貼80元。但高市警局在8月20日接通警務處通緝張的文書，才會予以逮捕；保防處以張在「臺灣民主自治聯盟林正亨等案」並未涉嫌，其被捕另有原因。不過軍法處處長包啓黃再經調查，認為張似不無參加匪諜組織或明知為匪諜而不檢舉嫌疑，移復知警務處「暫免解案」。另外原在林正亨「建成行」擔任店員、共黨交通員的李氷（又名李雪、李瑛），案發後逃往鹿窟，後以改名、嫁給外省人隨之到外島以逃避通緝，1953年12月被人密報乃被逮捕，接受説服涉有匪嫌的楊乾坤自首的任務，使她也被允許自首。到1955年8月27日才獲交保、限制居住。

本案於1949年8月18日破案，1950年1月27日定讞，這時正是國民黨政府退守臺灣前後，一方面要籠絡民心；一方面要壓制地方豪族，林正亨是霧峰林家下厝林季商的後代、又曾在警務處兩度任職，不無以他做祭旗的可能。縱觀林案的關鍵人物是陳百川、傅世明，但因迄定讞為止，未緝獲陳百川，而開小組會、提供左翼書刊的都是傅，名為傅世明案才更貼近案情。陳百川即陳大川、陳本江，事發時人在香港，事發後潛往鹿窟，是鹿窟事件的首要份子，最後自首。林正亨的死，被藍博洲標記為「刑死馬場町的第一個臺灣人」，因為懲治叛亂條例5月頒佈後，已陸續有兩位外省人方錚、何立人被判死刑（1949年6月1日執行）、及被判處徒刑者。本案於12月8日由軍法官提出擬處辦法的前一天中華民國行政中心遷到臺北，當天蔣介石由成都到臺。在27日的判決書中特別強調這一情勢下必須處以極刑的理由：「當此中共稱兵作亂竊據國土危害國家民族之際，該被告等竟敢組織非法團體，所謂臺灣高度自治，勾結奸匪意圖顛覆政府已著手實行，證據確鑿，罪無可逭，亟應各處極刑。」

本案的口供所牽涉而被供出的人與事，常被做為證據，如鄭馬腰説林正亨要賄賂他，表示可向廖溫進取款，林辯稱他未如此説；又他未曾說洪存波是共產黨，他想改口供，可是卻不准改；蔡清山說余圳青參加二二八，余表示沒有，蔡表示他説余在二二八期間常去大同旅社，沒説他參加，由上可見口供上的説辭未盡可靠。因此此案內容有其虛實，必需進行考訂。又，林正亨案的資料起自1949年8月迄1969年6月。

林正亨案，在半年內就結案，沒有捕獲陳百川此一關鍵人物，及李冰，減少了往上下發展的案情，如臺北市工作委員會的廖瑞發，以及介紹李氷加入組織的張硯，及其兩位兄長李金財（李中志）和張金海。不過離林案約半年，廖瑞發、李中志因涉「臺灣新民主自治同盟案」，於1950年7月2日被處決。

案中這20位中，有同學關係的，如畢業於臺北太平公學校的傅世明、吳萬福、傅玉碧；建成行的同事陳百川、李氷、傅世明、林正亨，廖溫正、廖溫進兄弟，廖溫進娶了霧峯林家頂厝林烈堂的孫女林桑琴，有遠親的關係；鄧進益、吳文雄是老闆和伙計，吳文雄死於獄中；施顯華和楊乾坤是臺北中山區公所的同事，因楊的介紹施顯華才認識傅世明，而楊乾坤又被偵防組的組長令李氷勸其自首。案中黃乃川是沈寶珠的印尼同鄉、李藻圃是林正亨軍校特科的同學，只因逮捕林正亨夫妻當天早晨兩人到過林家，被視為同黨乃遭逮捕。上述這些人際關係對案情的理解有所幫助。

又，本案在交保前被拘押的人當中，只有黃乃川向補償基金會申請補償，其餘如廖溫進雖有申請補償，但未包含此案被拘押的112天。