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有關白色恐怖時期政治受難者之補償法律為1998年5月28日，立法院通過之《戒嚴時期不當叛亂暨匪諜審判案件補償條例》，總統於6月17日公布，同年12月17日施行。補償對象依條例第二條第二項規定，為在解嚴前，因觸犯內亂罪、外患罪或戡亂時期檢肅匪諜條例，經判決有罪確定或裁判交付感化教育者。補償範圍依同條例第六條規定為「執行死刑者」、「執行徒刑者」、「交付感化（訓）教育者」及「財產被沒收者」。申請補償金的期限為2年。 2000年12月15日，立法院通過新增第十五條之一條文，總統同日公布，增加以下4種情形得申請補償： 一、於戒嚴時期因參與同一原因事實之行為，部分行為人為本條例第二條第一項規定之受裁判者，而其他行為人受內亂罪、外患罪或戡亂時期檢肅匪諜條例以外之有罪判決確定者。 二、於民國37年12月10日起至38年5月20日宣告戒嚴前，因觸犯內亂罪、外患罪或戡亂時期檢肅匪諜條例，經判決有罪確定或裁判交付感化教育者。 三、於民國37年12月10日起至動員戡亂時期終止前，因涉嫌觸犯內亂罪、外患罪或戡亂時期檢肅匪諜條例，遭治安或軍事機關限制人身自由而未經起訴、未經不起訴處分、經不起訴處分、未經裁判或受裁判者。 四、於民國34年10月25日起至38年5月20日宣告戒嚴前，在臺灣地區觸犯戰爭罪犯審判條例，遭治安或軍事機關限制人身自由，經判決無罪確定者。 第一款主要是針對美麗島事件中，部分人員係移送普通法院審判，無法申請補償而增訂。第二款主要是針對四六事件的當事人。第三款主要針對海軍反共先鋒營數百人因不明原因人身自由遭到限制的情形。第四款則是針對前臺南市長葉廷珪被控觸犯戰爭罪犯審判條例的案例。 2002年12月13日，立法院再度修正本條例，總統同日公布，新增第十五條之二條文：「於民國三十七年十二月十日起至動員戡亂時期終止前，因涉嫌觸犯內亂罪、外患罪或戡亂時期檢肅匪諜條例，而遭治安或軍事機關擊斃或緝捕致死者，得視其情形準用本條例之規定酌予補償」。立法理由為依「舉輕以明重」之法理，現行法對於「限制人身自由」之情形已經立法給予補償，更何況人民之生命受到不當之剝奪，如不予補償顯失公平者，自應視其情形準用本條例之規定酌予補償，以符公平。 補償金額依本條例第五條規定，係以基數計算，每一基數為新臺幣10萬元，但最高不得超過60個基數，由大陸地區之受裁判者家屬申領者，補償總額不得超過新臺幣200萬元。申請期限後經三度延長。根據統計，依本條例受理申請之案件共10,065件，7965件予以補償，1940件要件不符，96件不予補償，64件是單純回復名譽案件。補償金額為199億1,030萬元。