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依據《促進轉型正義條例》規定，促進轉型正義委員會（簡稱「促轉會」）針對威權統治時期因政府違反自由民主憲政秩序、侵害公平審判原則所產生的刑事案件，應進行平反。促轉會依《促進轉型正義條例》第六條第三項第二款規定所作成之行政處分，撤銷前述案件的刑事有罪判決，並將該處分作成「促進轉型正義委員會決定書」。 促轉會所應平反的案件分成2類，主要交由促轉會所設的「平復司法不法組」承辦：第1類為《促進轉型正義條例》第六條第三項第一款規定之案件，這類案件受難者若已依《二二八事件處理及賠償條例》、《戒嚴時期不當叛亂暨匪諜審判案件補償條例》與《戒嚴時期人民受損權利回復條例》而獲得賠償、補償或回復受損權利，其有罪判決與相關處分，在《促進轉型正義條例》施行之日均視為撤銷。亦即，這類案件的塗銷有罪判決前科紀錄工作，促轉會不需要作成決定書就可以依法進行。落於前項規定之外，但屬於應平反之案件，屬於第2類案件，此類案件的平反工作規範於《促進轉型正義條例》第六條第三項第二款中，促轉會經調查後可對該類案件進行撤銷刑事有罪判決。 為了調查與釐清第1類之外的案件是否需要進行平反，促轉會制定《促進轉型正義委員會處理促進轉型正義條例第六條第三項第二款案件作業要點》，設置審查小組進行審查。審查小組設9至15位無給職委員，由促轉會副主委擔任小組召集人，兩位審查委員為副召集人。審查小組成員須經促轉會委員會決議，聘請學者專家、社會公正人士、律師或政府機關代表等擔任。 審查小組大約每2週召開1次審查會議，審查促轉會依職權辦理或人民聲請之案件。審查小組審查後若認為該案應進行平反，促轉會平復司法不法組將依審查小組建議，彙整該案並提報促轉會委員會作成決議。經促轉會委員會決議通過後，由平復司法不法組依決議結果作成「促進轉型正義委員會決定書」。但若促轉會委員會對於審查提出異議，審查小組與平復司法不法組再依前述流程進行釐清或調查。 促轉會於2018年11月21日作成「促轉司字第1號平復崔乃彬司法不法決定書」，除了平反崔乃彬所受之裁判外，決定書還列出涉入該案起訴、審判、呈核與核定程序的軍政官員，並具體指出這些軍政官員所作司法不法之事實與責任，成為「促進轉型正義委員會決定書」的重要特色。至2020年5月30日促轉會兩年任期到期前，共作成32號決定書。
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